万太郎（神木隆之介）は、東大植物学教室でよそ者扱いを受け、竹雄（志尊淳）に弱音を吐く。そして寿恵子（浜辺美波）とのやり取りから植物図鑑を作るという目標を思いつく

万太郎（神木隆之介）は「植物図鑑を作る」という壮大な夢に向かって動き始める。一方、寿恵子（浜辺美波）は実業家・高藤（伊礼彼方）の元へ菓子を届けに行くが…

気持ちを新たにした万太郎（神木隆之介）は、倉木（大東駿介）に案内を頼み植物採集に行く。生き生きと植物に向き合う万太郎の姿に、学生たちにも変化が現れる。

万太郎（神木隆之介）は、植物学教室の皆によそ者扱いされ孤立する。落ち込む万太郎は、りん（安藤玉恵）を誘って竹雄（志尊淳）が働く店へ行く。

寿恵子（浜辺美波）は、まつ（牧瀬里穂）に「鹿鳴館へ行ってみたい」と打ち明けるが、反対されてしまう。一方、万太郎（神木隆之介）は東京大学植物学教室に通い始めるが…