あの「おっさん赤ちゃん」がかえってきた！
ベイビー株式会社の社員たちは、宿敵に乗っ取られた会社を取り返す作戦を実行する。ボス・ベイビーは会社への秘密の入口を知り、少人数のチームで潜入することに。目的は屋上にあるトランスポートシステムの妨害装置を破壊することだ。ステイシー率いる他の社員たちは町で話題作りをし、敵たちを欺くおとり作戦後に時間差で会社に現れることにする。しかし、会社に潜入したボス・ベイビーのチームはすぐに敵につかまってしまう。
ベイビー株式会社のオフィスは子ワンコ商事、ピグとタム、ＯＣＢの宿敵３組に乗っ取られてしまった。バブチューをハッキングされ、赤ちゃんたちは町のあちこちに飛ばされてしまう。ボス・ベイビーの家に集まっていたのはたった４人。そのメンバーで残りの赤ちゃんたちを回収しようとする。ステイシーたちは続々と赤ちゃんを回収するが、ボス・ベイビーはスランプでうまくいかず、完全に自信をなくしてしまう。
ボス・ベイビーはティムの大切なアメフトマイク人形をガレージセールで売ってしまう。落ち込むティムを見たボス・ベイビーは会社をあげて捜索する。幸いにも人形を買ったのは幼児だった。しかしおもちゃ箱から人形は消えていた。犯人はＯＣＢ。さらに子ワンコ商事、ピグとタムと立て続けに人形を盗み、ボス・ベイビーは完全に遊ばれてしまう。ボス・ベイビーは会社に全員を集め、３組一度に攻撃をすることにするのだが・・・。
ベイビー株式会社はピグとタム、ＯＣＢ、子ワンコ商事と戦争中。ボス・ベイビーは軍事費を捻出するため、経費削減としてプロジェクト・ドカーンをキャンセルとする。実はこれは痛みに強いドカーン・ベイビーを使って、危険なベビーグッズを世に知らしめるというメガ・ムチムチのプロジェクト。キャンセルだと知ったドカーン・ベイビーはこのプロジェクトの良さを知ってもらうため、ハイチェアから落下しその危険性を世に広める。
パパとママは前回ジジに「ボス・ベイビーが成長してない」と言われたことを心配し、ボス・ベイビーはケビン先生の診察を受けることに。診察の間、普通の赤ちゃんでいられるか心配したボス・ベイビーは、シモンズに普通の赤ちゃんでいられるミルク「赤ちゃんにナレール」を発明してもらう。ボス・ベイビーが赤ちゃんでいる間はステイシーが臨時のボスになる。ところがボス・ベイビーがいないと知った宿敵たちが次々と襲撃する。
ボス・ベイビーは家族でシカゴにあるジジの家に行くことに。停職中でビジネスの腕が鈍っているボス・ベイビーは、力試しに１日だけ大人の会社に潜入する。付けひげで変装し郵便係からスタート。するとボス・ベイビーと同じビジネスベイビーをもう一人見つける。カーライルだ。彼はライバルであるボス・ベイビーを追い出そうとする。しかしボス・ベイビーは能力を買われてどんどん出世。気づけば最高財務責任者になっていた。
ボス・ベイビーはシモンズが開発中の２４時間オムツを売り出すことにする。取締役会に行くと、そこにはコンサルのＯＣＢの姿が。的外れなアドバイスをするコンサルが嫌いなボス・ベイビーは、ＯＣＢを追い出そうとする。しかしＯＣＢは、「ボス・ベイビーは社員を管理し過ぎていて、社員が成長できない」と訴える。実は彼の目的は社長の座。ボス・ベイビーは２４時間オムツで取締役の信頼を取り戻そうとする。
ボス・ベイビーは、市長が政策に使えるアイデアを手帳に書いていることを知る。そこでチップに市長の筆跡を真似してもらい、赤ちゃんに優しいアイデアを書いた紙を市長の手帳に挟もうとくわだてる。そうすれば赤ちゃんに優しい政策が実現するからだ。ボス・ベイビーは市長の家にお泊りし、苦労の末に手帳をみつけ、なんとか任務を成功させる。しかし翌日、ベイビー株式会社に行くとなぜかみんなの様子がおかしい・・・。
地元サッカーチーム「ハイブ」がチーム名を変更することになり、新しい名前を提案するスピーチコンテストが開催される。何としても「ベイビーズ」にしたいボス・ベイビーは、会社のチームが書いたスピーチ原稿をティムに読んでもらおうとする。しかし、緊張したティムはダニーにスピーチを任せる。ダニーのスピーチは大成功。しかしチーム名はベイビーズではなく、「ホットドッグ」にすると言ってしまう。
パパとママの結婚記念日のプレゼントをティムと作る約束をしていたボス・ベイビーは、帰る直前にルームシェアしているワンコや３～４歳児のせいで社員たちのやる気が落ちていると知る。ティムとの約束はヘンダーショットに任せ、社員たちのやる気アップのために会議室Ｂでカップケーキパーティーをすることに。