社のクーラーが壊れ、涼しいベビー服に着替えた赤ちゃん本部長（声：安田顕）だが、腹巻姿が寅さんにしか見えない。西浦（声：斉藤壮馬）や天野（声：森久保祥太郎）たちは本部長の「社内育児」話で盛り上がるが、本部長は「オレはいつまで赤ちゃんなんだろう」と悩みを口にする。夜、会社の屋上で納涼会が始まる。西浦が作ってくれた赤ちゃん用ビールを飲みながら、本部長はカラオケで「男はつらいよ」を熱唱するのだった。
赤ちゃん本部長（声：安田顕）に西浦（声：斉藤壮馬）の娘・ハルミのおさがりを着せてみるも、にじみ出るおじさん感のせいで全然似合わないと嘆く天野（声：森久保祥太郎）と坂井（声：坂口哲夫）。一方、橘部長は部下の高田（声：牧野由依）と渡辺（声：菅沼久義）に頼んで、ジェンダーについて誤った発言をする度、笛で注意してもらうことにしていた。二人のアドバイスに助けられ、橘は西浦、本部長、天野に謝る。皆の答えは？
二課の橘部長（声：大塚芳忠）が赤ちゃん本部長（声：安田顕）を訪ねてくる。本部長にミルクを飲ませながら橘が切り出したのは、男同士で子育てをする西浦（声：斉藤壮馬）の家庭のことだった。「父親と母親がいて、その二人の子どもがいる家庭が一番の幸せの形なんだ」という橘だが、本部長の答えは？そして実は、橘部長も息子からある告白をされ悩んでいたことがわかる。夕暮れの屋上で、橘は本部長を抱きしめ涙するのだった。
ミイコ（声：沢城みゆき）から「パパごめんね、孫はあきらめて。でもパパの面倒はみるから」と謝られる赤ちゃん本部長（声：安田顕）。複雑な思いで出社するとトラブル発生。赤ちゃんという武器をフル活用して謝罪する。夜、本部長は西浦（声：斉藤壮馬）、天野（声：森久保祥太郎）たちとおでん屋台へ。天野も親に「結婚しなくてごめん」と謝ってしまうという。「さみしくないんですか？」と問う西浦に、天野の答えは…？
娘のミイコ（声：沢城みゆき）に抱っこされ出勤した赤ちゃん本部長（声：安田顕）。静かな場所で資料作りでもしようと、歩行器で屋上に向かうと、ベンチで沈んでいる社員を見つける。長期休業から復帰したばかりの二課の渡辺（声：菅沼久義）だった。会社の屋上に出現した赤ちゃんを迷子と思いオロオロする渡辺だったが、無言で見つめる赤ちゃんを抱っこしながら、会社に行けなくなった苦しい思いを打ち明けるのだった…。
社員研修中に意見を求められるも、うんこをがまんできない赤ちゃん本部長（声：安田顕）。大変、オムツがない！届けてくれたのは謎の美女、実は本部長と暮らす娘・ミイコ（声：沢城みゆき）だった。ワガママな父は赤ちゃんになってからの方が楽、というミイコに激しく同意する西浦（声：斉藤壮馬）たち。天野課長（声：森久保祥太郎）は実は人気ユーチューバー、西浦には夫と娘がいて…それぞれの暮らしが明かされる。
赤ちゃん本部長（声：安田顕）のために、音声入力マイクや歩行器を用意する天野（声：森久保祥太郎）と西浦（声：斉藤壮馬）。ランチタイムには西浦お手製の離乳食を食べる本部長だが、天野のカップラーメンを見て食べたさのあまり涙ぐんでしまう。赤ちゃんであることが社長（声：麻生智久）にバレて呼び出されるが、これまで通り働きたいと必死に訴える本部長。社長の答えは？そして本部長を迎えにきた謎の美女の正体は？
朝、起きたら赤ちゃんになっていた武田本部長（４７歳、声・安田顕）。「中身はそのままのようだ。迷惑をかけると思うがうまくやってほしい」と言う本部長に、部下の西浦（声・斉藤壮馬）、坂井部長（声・坂口哲夫）、天野課長（声・森久保祥太郎）は、さっそく「赤ちゃん本部長」が仕事しやすいプランを練り始める。お世話係となった西浦が押すベビーカーに乗って取引先に事情を説明に回る本部長だが、その反応はさまざまで…
本来の“おじさん”姿に戻った本部長（声：安田顕）。赤ちゃん期間を覚えていないと言い、迷惑をかけたからと精力的に働くが、仕事量と圧力が増え部下は疲弊していく。とうとう坂井（坂口哲夫）に「今の方が迷惑です」と言われてしまう。本部長は、赤ちゃんになって自身も社内も変化したことに気づき、より良い会社生活が新たにスタートすると思われたその時、元妻から再婚の連絡が入り…
ミイコ（声：沢城みゆき）が慌てた様子で会社にやってきた。なんと、皆への謝罪の手紙と辞表を残して本部長（安田顕）がいなくなってしまったのだ！西浦（斉藤壮馬）、天野（森久保祥太郎）、橘部長（大塚芳忠）もかけつけ、皆が本部長を心配する中、一人の“おじさん”が現れて…