愛媛県松山市の捨てネコカフェで少女アンナと運命的な出会いをしたネコのマルは、アンナの家で毎日うまいご飯を食べていたら丸々と太ってしまった。ところがある日、メスの子猫スリジエがやってきたことから生活が一変。最高のパートナーと信じていたアンナからも厳しい一言が…落ち込むマルだったが、ある夜目の前に現れた黒ネコから「気高きものよ。その目で広い世界を見るのです」と告げられ、冒険の旅に出ることを決意する。
マドンナを追いかけて、道後温泉に戻ってきたマルは、坊っちゃんやキヨなど道後の猫たちの歓迎を受ける。温泉に入り汗を流すマルだったが、自分が帰らなければいけない場所を思い出す。
マルはマドンナの頼みを受けて、しろくまピースに会うために「愛媛県立とべ動物園」にやってきた。マルを見てピースがほほ笑む。
マルとマドンナは、芝居小屋の「内子座」にやってきた。そこで声をかけてきたのは「三島公園」で出会ったジャックだった。ジャックが太鼓をたたき始めると…
マルは、ついに「宇和島」でマドンナを見つける。近づくとマドンナは、マルが持っていたじゃこ天にかぶりつくが、そのマルたちの背後には巨大な影が…。
愛南町外泊「石垣の里」にやってきたマルに、ヘミングウェイと名乗る猫が声をかけてきた。マドンナのことをたずねていたその時…
「しまなみ海道」を歩いていたマルは、風に運ばれてきたマドンナの匂いに誘われて、小さな漁港で「愛姫丸」という漁船に忍び込む。漁船は「佐田岬」、「愛南町外泊」に向かう。
目覚めるとマルは、四国中央市の「三島公園」にいた。そこで出会った猫のジャックは、タオルで有名な街、今治へ行くことをマルへ提案する。
雨降る真夜中の街をトボトボと歩くマルは、薄明かりに浮かぶ道後温泉の「坊っちゃんカラクリ時計」に行き着いた。カラクリ時計は突然動き出し、音楽とともに踊る猫たちが現れた。