2007年

監督：ポール・グリーングラス
出演：マット・デイモン、ジョアン・アレン、デヴィッド・ストラザーン

ロシアでCIAの追手から逃れたジェイソン・ボーン（デイモン）は、自身についての記事を書いたイギリス・ガーディアン紙の記者サイモン・ロスにコンタクトを取る。彼は「殺人兵器」としての自身を作り上げたトレッドストーン作戦に続く「ブラックブライアー作戦」が存在することを伝えるが、その矢先にノア・ヴォーゼン（ストラザーン）率いるCIAにより射殺されてしまう。
CIAはロスの情報源がボーンであると勘違いして再び彼を追うが、指揮に加わったパメラ・ランディ（アレン）は、情報源は彼ではなくCIAスペイン支局長ダニエルズであることを突き止める。ボーンが支局を訪れるとすでにダニエルズは逃げ出していた。ヴォーゼンは暗殺者にダニエルズと共に、ボーンの殺害も命じる。
それを逃れてアメリカに戻ったボーンはパメラに電話する。パメラはボーンの本名と「生年月日」を教えるが、それはボーンの来歴に関係する研究所の住所だった。彼は「ジェイソン・ボーン」を作り出した人物とついに対面することになる。