深海調査のため潜水艇アンモナイト号に乗り込んだジオ、ピピ、コン博士。水深数千メートルの深海を目指す途中、アンモナイト号が故障してしまう。さらに巨大なダイオウイカとマッコウクジラに襲われ、ジオがはぐれる。ピピとコン博士はジオ救出に向かうが、アンモナイト号のエネルギーは残りわずか…。一方、はぐれたジオは、海底で深海生物に取り囲まれていた。はたして極限状態の深海から無事に戻ることができるのか！？