ひきこもっていた陽平（佐藤二朗）は、不登校クラスの生徒たちの励ましで学校に復帰する。陽平は梅谷中学校を本当のことが言える学校に変えようと奮闘するが、いじめが発覚することを恐れる榊校長（高橋克典）は陽平に圧力をかける。卒業式が近づき、不登校クラスの生徒たちは、不登校クラス独自の卒業式をやりたいと祥子（佐久間由衣）に訴える。その矢先に、コロナの影響で全国一斉休校の要請があり、校長は決断を迫られる。
同級生にいじめられて登校するのが辛くなった生徒に陽平（佐藤二朗）が言った「無理して学校に来なくていい」という言葉が波紋を呼び、学校を休む生徒が続出。いじめゼロ、不登校ゼロを方針に掲げる榊校長（高橋克典）は、教育委員会の聞き取り調査を受ける陽平に「この学校にはいじめがない」と証言するように迫る。生徒の将来のためと説得された陽平は、教育委員会にうそをついてしまい、それを苦に再び家にひきこもってしまう。
元ひきこもりの陽平（佐藤二朗）が中学校の不登校クラスの先生になったことが話題になり新聞でも紹介される。まだ学校に慣れない陽平は、ひきこもり仲間の依田（玉置玲央）に叱咤（しった）激励される日々。そんな中学校の花壇が何者かに荒らされる。それは生き物係の和斗をいじめているグループの仕業だった。陽平は和斗を守ろうと不登校クラスに誘うが和斗はかつて同じクラスだった奈々と目が合った途端、教室を飛び出してしまう
上嶋陽平（佐藤二朗）が中学校に通い始めた初日、不登校生徒の坂本征二（南出凌嘉）がおにぎりを万引きしたという連絡が学校に入る。征二は無職の父・征一（村上淳）と二人暮らしで、深刻な貧困状態にあった。スクールソーシャルワーカーの藍子（鈴木保奈美）は生活保護の申請を勧めるが、征一は頑として受け付けず、別居中の母・ユキ（内山理名）も家に戻る素振りはない。陽平は征二を連れて、ユキの職場を訪ねていく。
上嶋陽平（佐藤二朗）は、客と話をしない、サービスもしないという一風変わった焼鳥屋の店主。そんな陽平が、市立中学校の非常勤講師を依頼される。不登校生徒を支援する学級の人手不足を解消するために、榊校長（高橋克典）が白羽の矢を立てたのだ。榊はスクールソーシャルワーカーの磯崎藍子（鈴木保奈美）とともに説得するが、陽平は固辞。しかし、不登校児・奈々（鈴木梨央）と出会い、関わるうちに少しずつ心を開いていく。