三年間オランダ医学を学び江戸に戻った保本登（中村蒼）は、幕府のお目見え医になるはずだったが「赤ひげ」こと新出去定（船越英一郎）が医長の貧困者の為（ため）の医療所「小石川養生所」で働くこととなった。保本は、養生所で働き始めると初日から医者らしからぬ赤ひげの傲慢な態度に不快感を感じる。そんな中、医療所に、おゆみ（宮澤美保）といううつ病患者が閉じ込められて居ることを知る。