便失禁が生活習慣の改善や薬で改善しなかった場合も、さらにさまざまな治療法がある。治療するには、まず肛門括約筋の締まり・感覚・損傷などを専門的な検査で調べる。治療は、肛門の筋肉を含む骨盤周辺の筋肉を鍛える「骨盤底筋訓練」や「手術」のほか、肛門の感覚や運動を司る仙骨神経に電気刺激を送る「仙骨神経刺激療法」では、電気信号を送る装置を背中側の筋肉に埋め込む。どうしてももらしたくないときは装具も有効。